서울형 혁신교육지구는 학교에 예산을 직접 배부하는 사업이 아니며, 자치구와 교육지원청, 지역주민이 지역의 교육격차 해소를 위한 사업을 하도록 자치구와 교육지원청에 예산을 배부한다. 따라서 혁신학교에 예산이 중복 지원된다고 할 수 없다.

혁신교육지구 사업은 학교·마을 방과후 연계 사업, 일반고 진로 직업교육지원 사업, 중학교 학급당 25명 이하 학생수 감축 사업, 교육공동체 구축 사업, 자치구 특화사업을 지원하는 사업이다.

혁신학교 예산은 학교의 문화개선 및 교육과정 운영에 사용되고, 혁신교육지구 예산은 마을교육 생태계 조성 사업과 같이 교육격차 해소를 위한 사업에 사용되어, 예산의 사용 목적과 사업 내용이 다르다.

예를 들면 일반고 진로 직업 교육 예산은 학교에서의 교육과정을 운영하는데 사용되는 반면, 혁신교육지구 일반고 진로 직업 지원사업은 마을에서 학생들의 직업체험을 지원할 수 있도록 일터 개발, 직업체험 등을 지원하는 데에 예산이 사용될 예정이다.

서울시교육청은 앞으로 혁신교육지구 사업을 진행해 나가면서 자치구 내에서도 특히 여건이 좋지 않은 학교에 교육력을 집중해 지역간 교육격차 해소를 위해 노력해 나갈 계획이다.